該醫院手術部共有四個樓面，每層約1000平方米，五層為手術室準備層，六、七層為一般潔凈手術室，八層為特殊要求手術室，布局上每層按污物廊回收型設置雙通道，醫生及術前和術后人員從中間清潔走道通過，手術后的污物從外側的污物廊快速運出。手術器械則由五層消毒室通過。消毒室內的專用電梯直接送至各層無菌儲藏室。醫生在五層消毒后從專用的五層至八層的樓梯或電梯進入各層。專用垂直樓梯在頂層設置排風。使垂直樓梯對潔凈走廊保持相對負壓。專用電梯前室設置正壓送風口，使前室對潔凈走廊也保持一定的壓差。

六、七層的潔凈手術室根據面積大小不同分別選用不同風量的凈化空調機組，空調機組用二級過濾，同時在手術室內設置亞高效過濾器，回風從二側回，新風經三級過濾并經亞高效過濾后吹出。每間手術室在靠近氣體吊塔處設置單獨排風口，并連接到排風總管排出室外。八層則由高效過濾器代替末端的亞高效過濾器，其余設計同六、七層。